Упрощенная HTML-версия
9)
В качестве начальных условий задаются:
- длина последовательностей L ~ 1290 - 1307 н., соответствующая
длине кодирующей части S - сегмента;
- первоначальный нуклеотидный состав последовательностей (ис
пользуется четырехбуквенный алфавит: A,T,C,G);
- случайное исходное распределение вариантов последовательно
стей в популяции;
- матрица взаимодействий между нуклеотидами в последовательно
стей - Р, выражающая ограничения, накладываемые на строение вирусной
РНК наличием корреляций, наблюдаемых при возникновении нуклеотид
ных замен;
- матрица вероятностей существования последовательностей - Е,
рассчитанная для каждого генотипа, показывающая влияние иммунной
системы хозяина и оценивающая адаптивную ценность последовательно
сти.
10) Допускается существование одной или нескольких оптимальных
последовательностей, обладающих достаточной приспособленностью для
закрепления в популяции. Каждая из них может получить преимущество
либо благодаря случайным факторам (например, изоляции, ограничению
размера популяции и т.д.), либо благодаря особенностям1 соответствую
щим различным экологическим нишам для одного и того же типа виру
сов.
11) Каждая из последовательностей популяции обладает определен
ной приспособленностью. Принимается, что величина приспособленно
сти для каждой последовательности тем больше, чем выше уровень подо
бия между рассматриваемой и наиболее близкой к ней оптимальной по
следовательностью.
12) В процессе моделируемой эволюции могут возникать мутации -
случайные замены символов в последовательностях. Мутации типа деле-
ций и инсерций не рассматриваются. В более усложненной модели в рас
смотрение принимаются также и рекомбинации - обмен фрагментами ме
жду гомологичными частями последовательностей.
13) В процессе моделируемой эволюции проходит отбор последова
тельностей популяции в соответствии с их приспособленностью, которая
определяется в соответствии с матрицей вероятностей существования Е.
Наименее приспособленные элиминируются, что сохраняет постоянную
во времени численность популяции. Последовательности с нонсенс-
мутациями также элиминируются.
14) В результате развития популяции во времени может сформиро
ваться квазивид: популяция, в которой наряду с оптимальной последова
тельностью есть множество сходных с ней мутантов, которые могут обра
152