Упрощенная HTML-версия
зовывать группы наиболее приспособленных последовательностей в пре
делах квазивида.
При переходе от базовой модели к конкретной, соответствующей
определенному генотипу, вышеперечисленные положения сохраняются,
но могут изменяться начальные условия и значения параметров модели.
Алгоритм работы программы.
Проводим моделирование для по
пуляции с постоянной численностью, считая, что наименее приспособ
ленные варианты элиминируются из популяции.
1. Формирование начальной популяции, состоящей из N нуклеотид
ных последовательностей.
2. Размножение последовательностей.
3. Возникновение мутаций:
3.1. Моделирование возникновения мутаций: для заданной скорости
возникновения замен и заданной длины последовательности L рассчиты
вается количество нуклеотидных замен, появляющихся в новом поколе
нии. Тип замены, координата замены и последовательность, в которой она
возникнет, определяются случайным образом.
3.2. Для модели с учетом рекомбинаций вычисляем вероятную дли
ну участков рекомбинации, число рекомбинаций в новом поколении и оп
ределяем последовательности, в которых происходит рекомбинация. Ко
ордината участка, вовлеченного в рекомбинацию, выбирается случайным
образом.
4. Отбор:
4.1. Выбраковка летальных мутантов (отсутствует стартовый или
стоп-кодон, возникновение стоп-кодона в неположенном месте)
4.2. Расчет приспособленности.
4.3. Формирование популяции следующего поколения, отбор N осо
бей в новую популяцию производится случайным образом с вероятностя
ми, пропорциональными значениям приспособленности каждой последо
вательности.
5. Организация последовательности поколений. Повторяем шаги со
второго по четвертый для
t
= 0, 1,2,...
В варианте модели, учитывающем возможность рекомбинационных
процессов, будем считать вероятности возникновения рекомбинации в
любых точках последовательности одинаковыми, поскольку нет сведений
о предпочтительном вовлечении конкретных участков последовательно
сти S - сегмента в рекомбинационный процесс.
Для учета рекомбинации при моделировании эволюции последова
тельностей на третьем шаге алгоритма (пункт 3.2) вводится:
-
параметр vr - скорость возникновения гомологичных рекомбина
ций. Она определяется как количество гомологичных рекомбинаций на
нуклеотид на шаг, и варьировалась от 10’5до 10'7.
153