Упрощенная HTML-версия
Clustal X (1.8), в которой использовались методы:
- множественное выравнивание нуклеотидных последовательностей
(Multiple Alignments) со следующими значениями параметров GAP
OPENING=20, DELAY DIVERGENT SEQUENCES=30%, TRANSITION
WEIGHT-0.6;
- расчет филогенетических деревьев (BOOTSTRAP N-J TREE), при
значении параметра bootstrap replicates > 1000. Метод связывания соседей
(Neighbour Joining) основан на поиске в массиве выровненных последова
тельностей таких пар (соседей), чтобы суммарная длина всех ветвей де
рева была минимальной на каждом этапе кластеризации последователь
ностей (в русскоязычной литературе иногда встречается другой перевод
названия этого метода - «ближайшее связывание»). Этот метод был вы
бран в качестве основного для построения филогений, т.к. он не требует
предположения о сохранении постоянства скоростей замен в ветвях (в
случае вирусов с РНК-геномом уже высказывалось сомнение в постоянст
ве скорости эволюции их генетических последовательностей [60]) и по
зволяет правильно восстанавливать топологию дерева, даже если такое
постоянство нарушено. Он наиболее часто используется при изучении
хантавирусов [23,39,64].
Расчет вероятностей при использовании свойств стандартных стати
стических распределений проводился с помощью Microsoft Excel 97.
Описание математической имитационной модели
Постановка задачи моделирования.
В имитационных математиче
ских моделях, использующих понятие квазивид [28, 73], обычно анализи
руется эволюция популяции символьных последовательностей (информа
ционных аналогов цепочек ДНК или РНК). При этом предварительное
изучение свойств последовательности позволяет определить вид исполь
зуемой модели и задать ее параметры. В нашем исследовании для моде
лирования эволюции нуклеотидной последовательности S - сегмента реа
лизован стандартный алгоритм эволюционного моделирования. Для по
строения базовой модели принимаем следующие условия:
7) Рассматриваем эволюцию кодирующей части S - сегмента, так как
концевые (некодирующие) участки эволюционируют путем, отличным от
пути эволюции кодирующей части, и проявляют очень большую вариа
бельность по длине.
8) Популяция последовательностей имеет сохраняющиеся размеры,
чему соответствуют условия обитания хантавирусов в организме хозяев,
где вирусы постоянно взаимодействуют с иммунной системой хозяев, ог
раничивающей темпы их размножения как в клетках, так и в тканях орга
низма [74,99].
151