Упрощенная HTML-версия
роль в отборе сохраняющихся мутаций. Большое число корреляций, на
блюдающихся для нуклеотидных замен в S - сегменте (как у генотипа
Пуумапа), возможно, свидетельствует о наличии отбора, противодейст
вующего возникновению гомологичных рекомбинаций, которые могут
нарушить существующую схему корреляций, связанную с третичной
структурой РНК. В таком случае рекомбинация у вирусов генотипа Пуу-
мала может происходить преимущественно между гомологичными после
довательностями с высоким уровнем подобия и менее вероятна, чем у
хантавирусов Тула или Хантаан. Если способность к гомологичной ре
комбинации является одним из механизмов, регулирующих процесс
взаимодействия хантавируса с хозяином, то меньшее, чем у генотипа Ту
ла, количество видов-хозяев у вирусов генотипа Пуумала может объяс
няться меньшей возможностью рекомбинаций из-за наличия корреляций в
его геноме, по сравнению с хантавирусами генотипа Тула.
Объект исследования и использованные методы
Главным объектом исследования являлись генетические (нуклео
тидные и аминокислотные) последовательности хантавирусов генотипов
Тула (31 - изолят, 97 последовательностей), Пуумала (52, 516), Хантаан
(44, 125), Сеул (48, 204), Добрава/Белград (38, 171), хантавирусов Нового
Света (26 генотипов, 326 последовательностей) и некоторых неклассифи
цированных хантавирусов (11 генотипов, 16 последовательностей), полу
ченных из банков данных GenBank и EMBL в режиме свободного доступа,
а также в исследованиях, проведенных ГУ ОНИИПИ М3 РФ (г. Омск) со
вместно с ИПВЭ РАМН им. акад. М.П. Чумакова (г. Москва) (в настоящее
время они депонированы в GenBank).
Анализ имеющейся литературы дал также оценку скорости микро
эволюции нуклеотидных последовательностей хантавирусов и размера ог
раниченной по численности вирусной популяции:
- границы варьирования скорости возникновения точечных замен в
предложенной имитационной модели для S - сегмента: 10"3-10'5 замен на
нуклеотид на одну генерацию (шаг моделирования);
- размер моделируемой популяции варьировался от Ю6-108последо
вательностей.
При написании программ использовался язык фортран. При органи
зации параллельно ведущихся расчетов использовались двенадцать ком
пьютеров типа Пентиум-4. Суммарное время счета для этапа моделиро
вания при проведении исследования составило более 3000 часов машин
ного времени.
Для выравнивания, сравнения последовательностей и построения
филогений применялись программы:
150