Стр. 142 - 2

популяции (популяции конечной численности). Описание с помощью де­
терминистского подхода выполняется для малых длин последовательно­
стей (менее 100 символов), при большей длине эволюция популяции
должна рассматриваться как стохастический процесс [8], и главным инст­
рументом изучения таких процессов является компьютерное моделирова­
ние.
В обоих подходах центральным является понятие приспособленно­
сти (селективной ценности) последовательности или популяции последо­
вательностей [8, 10, 19]. Степень приспособленности - это основной кри­
терий отбора. Однако сама приспособленность в реальных системах не
постоянна и зависит как от условий внешней среды, так и от самой гене­
тической структуры популяции. Проблемой является также определение
количества аллелей одного гена в популяции, поскольку наиболее вероят­
ным состоянием является состояние, когда организмов с абсолютно иден­
тичными генотипами очень мало (для популяций вирусов) или нет совсем
(для более сложных организмов).
При проведении моделирования, как правило, добиваются определе­
ния частот генов в популяции и исследования временной динамики этих
частот [1]. Для каждой конкретной задачи при разработке модели исполь­
зуются определенные начальные условия и характеристики процессов,
существующих в популяции, полученные во время предварительного изу­
чения.
Вышеперечисленные трудности приводят к тому, что большинство
разрабатываемых моделей дают только самые общие представления о про­
цессах, происходящих в конкретных популяциях генетических последова­
тельностей, поскольку основные особенности популяции должны быть
адекватно отражены в модели, чтобы эта модель давала верные результа­
ты.
При моделировании эволюции вирусов необходимо учитывать также
такие их свойства, как гаплоидность, высокая скорость накопления нук­
леотидных замен в геноме и специфику репликации и трансляции кон­
кретного вида. Поэтому методы, используемые при их описании, несколь­
ко отличаются от методов, применяемых в случае диплоидных организ­
мов. Характеристики вирусных популяций (такие как размер и качествен­
ный состав), как правило, имеют приблизительную оценку, что приводит к
использованию эволюционного моделирования - процедуре, при которой
процесс моделирования сложного объекта заменяют моделированием его
эволюции [2].
Если в подобной модели предусмотрена возможность обмена участ­
ками символьных последовательностей (аналог гомологичной рекомбина­
ции), то она определяется как генетический алгоритм - оптимизационный
140