Упрощенная HTML-версия
53
также, поскольку аллели с повторами 3, 5 и 6 встречались редко,
полиморфизм гена IL-1RN описывали, учитывая только аллели с 2 и 4
повторами.
Для определения полиморфных вариантов гена IL-1β использовали
ПЦР с дальнейшей рестрикцией ампликонов эндонуклеазами рестрикции
(ПДРФ-ПЦР – ПЦР с определением полиморфизма длин рестрикционных
фрагментов): TaqI – для генотипирования полиморфного локуса С+3953Т и
Ama87I – для генотипирования полиморфного локуса С-511Т.
При гидролизе амплификационного фрагмента гена IL-1β
эндонуклеазой рестрикции TaqI выявлялось три фрагмента размером 550
п.н., 146 п.н. и 404 п.н. Фрагмент 550 п.н. соответствовал амплификацонному
фрагменту, не подвернувшемуся гидролизу, что указывает на присутствие
аллеля +3953Т гена IL-1β. При наличии аллеля С происходит разрезание
амплификационного фрагмента ДНК на два, размером 146 п.н. и 404 п.н.
При гидролизе амплификационного фрагмента гена IL-1β
эндонуклеазой рестрикции Ama87I выявлялось фрагменты размером 520 п.н.,
80 п.н. и 440 п.н. Фрагмент 520 п.н. указывал на присутствие аллеля -511Т
гена IL-1β. При наличии аллеля С определялись два фрагмента размером 80
п.н. и 440 п.н.
Анализ продуктов амплификации и рестрикционных смесей проводили
с помощью электрофореза в 1,5% агарозном геле, приготовленном на основе
10% TBE-буфера с бромистым этидием (рис. 10). Использовалась камера для
для горизонтального электрофореза SE-2 (Helicon, Дания) с источником
питания «Эльф-4» (ДНК-технология, Россия). Визуализацию гелей
осуществляли при помощи трансиллюминатора ECX-26(Viber Lourmat,
Франция).
Для определения полиморфных локусов G-308A гена TNF-α и G-1082A
гена IL-10 использовались коммерческие наборы «SNP-экспресс» (НПФ