Упрощенная HTML-версия
В качестве L берется вся длина кодирующей части S- сегмента. По
лученные расстояния позволяют разбить весь массив имеющихся после
довательностей на кластеры. Для определения критерия разбиения были
рассчитаны значения MJ для всех имеющихся полноразмерных последо
вательностей S-сегмента, где даны границы (мин. и макс.) значений, на
блюдаемые при сравнении последовательностей внутри геноварианта
(диагональ) и между геновариантами. В пределах геноварианта значение
MJ не опускается ниже 900 с учетом того, что длина сравниваемых после
довательностей равна длине кодирующей части S-сегмента. При сравне
нии между собой геновариантов из Европы MJ = 630 - 700, из Азии MJ -
670 - 740, а при сравнении азиатских и европейских MJ = 300 - 470. Гра
ницы этих не перекрывающихся диапазонов можно принять в качестве
критерия для выделения кластеров, объединяющих последовательности
одного вида за исключением последовательностей генотипа Сеул, для ко
торых значение MJ в пределах вида не опускается ниже 1000, что, воз
можно, определяется либо особенностями выборки, либо большей одно
родностью его хозяев.
Таблица 2
Сравнение генотипов по уровню MJ
Хантаан | Пуумала |
Сеул
Тула
Хантаан 959-1770 400-470
670-740
350-430
901-1784
400-470
630-700
1156-1771
300-450
941-1776
Пуумала
Сеул
Тула
Определение селективной ценности последовательностей.
По
имеющимся подборкам выровненных последовательностей для каждого
вида хантавирусов определяется вероятность EVJ нахождения i-того нук
леотида (i меняется от 1 до 4) в j -той позиции последовательности (j ме
няется от 1 до L) и заполняется двумерная матрица Е (4,L). Суммируя
значения матрицы в соответствие с нуклеотидным составом конкретной
последовательности можно определить величину, характеризующую ве
роятность существования каждой n-ой последовательности из популяции
En = ZEij. Для последовательности с наибольшей приспособленностью в
данных условиях Еп примет свое максимальное значение Ептах. Наиболь
шая величина приспособленности определяется только матрицей вероят
ностей существования Enmax и отличается для разных генотипов хантави-
156