235
933127341016260120
Qubit7085510188101171241280319
(Invitrogen,1062551018858105175245284323370439509572642677
США)17745510188105246347394
с2203551018874
применением2312551018887157232320383457520595669732820
тест-системы3167551018873136198259305367442504565627716810
«Quant-iTTM4012551018882183253315385424471510595680805
dsDNA4852551018882136237338439
HighSensitivity53395510188100140210280708794018877140210264303342381451490529599
Assay13427940188133188242304374
Kit»17517940188134173212282
(Thermo2068794018879164234296343451521
Fisher26257940188110149203273335382
Scientific,30427940188110172211273343382421468507569604
США).36817940188125266368415450
Очищенные41667940188133203278386448523598692754
ампликоны4956794018894182257327402470540615709
смешивали7081034018862150213320395461524593668
эквимолярно141210340188147215281356445515585649719794864
в231210340188153
соответствии250010340188150220290351417480541603664730805880
с341510340188150
полученными360010340188163233303373443505580655749838913
концентрациями.454810340188155225300375437512574644706781856920100910831119
Дальнейшая7081276018895157227291366428503611673737
подготовка148012760188206276347405475536606672740802
образца231712760188201272342404460535597
к294912760188199
секвенированию31831276018819325532338945152660167174180786994410191124
и434212760188206
секвенирование45831276018819325532338945252660167174180786994410191081
пулированной7081519018874145214289359429496558633708778852
библиотеки15961519018877152223293368438499562630704
осуществляли23361519018876138208316378441502568638702772847
с32181519018869
использованием33221519018881143218288358422477547613676750825888976
набора43341519018880142214284354416
MiSeq479215190188124163241303373
Reagent52071519018893155217287349419458
Kit70817590188101140179
v29221759018888158
(50011151759018866136206276
циклов)14261759018893168236306376442489
и19501759018893
прибора20781759018894164238310380450512
MiSeq264417590188123163241303373
(Illumina,30521759018865112151190259368408477540575
США),366217590188111252353400436
согласно41331759018880150208277340402477547
рекомендациям47151759018888150218288377439514585648722797862950
производителя.7082001018874145215289345411481552627688750820885920
После166920010188101171233303365
обрезания20692001018876148217280335397472547611
по27152001018881151
баллу29022001018877139209279349
качества,32862001018874136206269331392458520555
объединение38762001018876148220282353428503565640715777
ДНК-прочтений46952001018895196289337412482552622683745820895970
(ридов)7082243018846116191262332398445
проводилось11882243018883153223289359431505575645708771
с19952243018870
помощью21002243018883153241311419483588
пакета27232243018883145213275336399
SeqPrep;31572243018885148218295342404474513
итоговая37052243018883144214272342408470535
длина42752243018879149224299361
ридов46712243018878153224294360
составила50662243018871140203264326392467537599
2527082483018870140210
пн.9532483018874149184
Анализ106227260188101176238308383438
данных153527260188122184259334428498
секвенирования2068272601881121742423083714465205916617277898649391003
микробиома310627260188139214282352422494568638727789
был393027260188122216286
проведен425127260188125195265331394465527602
с488827260188113
помощью503627260188125195283354461525630
платформы7082966018874144207268358428499587681
Knomics-Biota1424296601882683384085175566186737198138529229611023
(https://biota.knomics.ru/).248229660188213283322361431485525563602672711781820882917987105711271235127513371391142614731543158216281663
Первичные418029660188269331401467542613687781844
данные505929660188238300375450544606
секвенирования7083208018862124192258320395470540610676739813888953
(риды)16963208018881151226298391438
были216932080188106200270345
предобработаны2549320801881101802423133834555255876587287898519261020
с36053208018896
использованием3737320801881091712463163864505065766427047798549161004
программного477732080188109179249307377439528616691761819889
пакета7083451018874137205267328390
QIIME2.113334510188168215262386471541577
К174534510188159
ридам194034510188136211283345433
был240934510188137231301
применен274634510188141211286374437512574649
алгоритм343034510188129199256326396471532621
Deblur408634510188167230300339409456
для457734510188137207272
очистки488434510188136207282344405473548
от546734510188137198
шумоподобных70836910188107177266336411481552622693768862932
прочтений167536910188216286356427488550625700775
и248536910188217
получения273736910188216286356426496559633708773
представленности3545369101882162863484194815436056717418038789531023108511461221
уникальных480136910188211286361429491561625700794864
представительных708393301887414520727834040146352960466672879886293610301100
последовательностей1842393301887514520727733941048054760967073280286694110111073113411961271
с31483933018860
точностью32433933018860130200275345408469533637
до39143933018871141
140893933018869
нуклеотида.41923933018875145213283345415476551622684720
Таксономия49453933018885148216278348423493581656721
была7084173018871165235297
определена104041730188110185255317388450520582657720
с179541730188102
помощью193241730188115185273343451515619
наивного258741730188115177252318393463520590
байесовского321241730188111174248310372442508570638708766836
классификатора408341730188108178240302364439530605673735796866936998
QIIME2,511641730188141188234358444514549
обученного7084415018870141211281343418493563621691
на14344415018890152
базе16214415018886148203266
SILVA19224415018892139225326427
v138.23844415018885155225295330
База27494415018895158213275
была30594415018886180250312
подготовлена34064415018890160231289359420490556626688763825
с42664415018877
помощью43784415018890160249319426490595
RESCRIPt,500844150188108194272365459505583622657
Creative7084658018893140202264303342412474
Commons121746580188105175284393463533587
Attribution185146580188101140179226265334404443482552622
4.025084658018882117187
License27304658018897136198260330385447
(CC-BY32124658018858151245290383484
4.0)37324658018881116186233
–40004658018881
последовательности411646580188861562182883504224915586206817438138779521022108411451220
базы53714658018882145200294
16S7084898018870140217
рРНК96148980188136214315408
были140548980188138232302377
обрезаны181748980188136208278340395457532626
в247848980188133
соответствие264648980188129199269330396459520582643709784846
с352748980188129
использованными36914898018814220427934941848253860867473681188697910681143
праймерами486948980188142212274350438501570633721796
(515F/806R)7085140018846116186256334373443513583676723
и14665140018875
агрегированы15765140018862119189251309384454524590652727821
с24325140018862
порогом25305140018874144214284342412500
сходства30655140018862132202274336397463525
99%.36265140018869139256291
В10625383018893
ходе11905383018875145217279
первичной15045383018880142212278353423498568643
обработки21835383018875146216278349419481549624
все28425383018871133195
образцы30725383018876147217279334409503
прошли36105383018880150220328398473
порог41185383018880150220290348
в45015383018871
300046075383018876146216286
ридов49285383018875150221291357
после53205383018880150213282344
фильтрации7085623018890165235299360430492567642717
по14605623018875145
качеству16405623018868130200262325386452522
(рисунок21975623018847117191254324398468536
9).27695623018870116152
Таблицы10625865018885147219288363438532
относительной16295865018892153228298360435496558628692766836912
представленности2576586501889616622829936242348555162168375883390396510261101
на37125865018896158
различных39065865018891153208278353423498592663
таксономических460558650188821442122743444194895786537237858489169901060
уровнях7086105018870140210276351415485
были122861050188100194264339
получены160261050188103173243313384446521615
путем225261050188103173235297385
суммирования26736105018890160249337412482552618681755830895
относительной36036105018898160235305367442503565635699773843918
представленности45576105018810317323530636943049255862869076584091097210331108
последовательностей,7086347018874145207277339410480546608669731801865940101010721133119612701306
принадлежащих20476347018875145220295357428498560657719827902972
соответствующей305463470188611312012623283914525145756417118169239861060
таксономической414963470188601221902523223974675556307017638258939631038
группе.52226347018856126196271346408443
Метаболический1062659001881241862473103814515215966667287908589331008
потенциал210565900188181251312374449524599661731
микробного287165900188194269337407477548623693750820
сообщества372765900188167237307378486548610672738800
был456265900188177270341
оценен493865900188175250312387449524
с549765900188168
использованием7086830018874137212282351415471541607669744819881969
программы171368300188129199269327396459547636730
PICRUSt,247868300188132179272366467545584619
который313268300188122192253323393487562
был373068300188125219289
применен405468300188130200275363426500563638
к472768300188122
результатам488468300188125187242312382446507569631693781
картирования7087072018868130200261336406476542604679754818
без17457072018871133188
применения21537072018874145219308370445507582657722
алгоритма30947072018862132189259329404465554616
Deblur.392870720188101163233272342389424
Представленность45707072018810117123330436642749055662568876383790897010311095
метаболических7087315018888150212274345415485559630692754822897967
путей171073150188140210271334409
и215473150188140
модулей232973150188154224295365435497572
(мелких293673150188112201263333401476546
компонент,351773150188133203292367437511574649710745
составляющих429773150188127197259321383449519583688796871941
пути)527373150188140210271346393
оценивалась7087555018870144207281356423485555617679743
по14867555018898168
базам16907555018894157212274362
KEGG208875550188125210311412
и25367555018898
MetaCyc.269475550188123186225287380450512548
Помимо327775550188124194283358447517
автоматической38297555018886152213283372434495570640702765832902977
агрегации48427555018885143213275332395469544619
по54977555018898168