243
593129340016360120
2.3.2.1610550019470105175210280315
Филогенетический19605500194120201279349413475555618686767846908970105111311212
иэволюционный32075500194813323550019460136206285391472553623703784893974
анализ4332550019470151221300381437
Все1205792018993155218
кодоны1544792018968138209279354449
,1993792018935
связанные2150792018962128192248310384459553615
с2887792018962
основными3071792018970132207277343418511600675
мутациями3868792018988158219281356431495584658
лекарственной4649792018970132200262332394456522584659734804879
устойчивости8511034018970132193263338408483549619682743818
[100],170410340189142212282351398433
были22671034018971165235310
удалены27071034018970141203273335409504
из33421034018975130
окончательного36021034018970138208283353415476538608672747817875945
выравнивания46781034018966160230292358433508574636711786850
нуклеотидной8511275018975145213283345415476551622697767842
последовательности174112750189751452072773394104805466086697328018659401010107211331208
генома29981275018957119194264353415
РНК34611275018978179273
ВИЧ37821275018993194285
для41151275018971142206
филогенетического43691275018991165236306363425500562624698769831893961103110891159
иэволюционного85115170189759611517018960126196266370445520590665740810867937
(19341517018946
филодинамического198015170189911652353053774515265896777528228859471015108511421212
)31931517018947
анализа32741517018962137199269343399461
.37361517018935
Наиболее120517580189101163238309379449511574
подходящая18251758018975145216287357428493600662726
модель25971758018988158229291361425
подстановкиGTR30671758018975145216278340402477547613681756387017580189101186280
+41851758018989
I43091758018958
+44021758018989
G453717580189101
была46831758018971165235297
выбрана50261758018966160232302364439501
для8512000018971141205
каждого10932000018968130227298368425495
набора16252000018975137208278348411
данных20712000018971133208283377447
с25552000018962
использованиемjModelTest2653200001897513721228235241547154160766974481988197036572000018940165235305367406491553608647
v2.1.743392000018971141176246281351
[200].47252000018948118188258305340
Дерево51012000018995157227290356426
максимального8512241018988151219281356445507577641716786843913
правдоподобия18102241018975145207273344414489559630700772846911
(ML)27552241018957181267314
было31152241018971166236306
рассчитано34662241018970132194256327402463525600670
в41822241018966
программе42942241018975145215272342404493582644
IQ-TREE49732241018957158205290384469555
[198]8512483018947117187257303
с12672483018962
1000136424830189149219289359
повторностями18372483018975145211271341411486556618679744832907
.27442483018935
Надежность289324830189101163234297393468538600662726
кластера37312483018968138200263323386455518
поддержки43632483018975145216287349419516584659
ветвей51352483018966128189255317391
вычислена8512724018966160230305367437499574637
с16292724018962
использованием18322724018975137212282352415471541607669744819881969
критерия29442724018968138213275337407482546
приблизительного3631272401897514522029136143649156662768975982389896810251095
отношения48682724018970131206276384446521596660
правдоподобия8512966018975145207273344415489559631701772847911
(SH-aLRT)17972966018970148249296358443536622669
Шимодаиры252529660189141216304374446508582653747
-32722966018947
Хасегавы331929660189101163225287344407472566
[254].39212966018970140210280327362
Монофилетический434229660189124194269339430505575637698773843905967103511101186
кластер8513207018968138200262323385455
в13553207018966
филогении14713207018991165235305363425500575650
со21703207018962132
значениемSH-aLRT2351320701895513019226332540047553762630113207018992193240302388481567
более36273207018971141211273335
0,9,39973207018984119189225
содержащий42713207018962132203266336432495602677752
более50733207018971141211273335
854433207018985
последовательностей851344901897514520727733941048054660866973180186594010091072113311951271
,21223449018935
считался21913449018962133207269331401463528
значимым27533449018955130192263338427521609
.33623449018935
Время12053690018993163225314378
до16843690018971142
самого19273690018962124213283340410
последнего24383690018975145207277339410485548605675
общего32143690018970141249311369439
предка37543690018975145207278346408
(TMRCA),419736900189112198322416509610657692
скорости49903690018962130200270340403464538
эволюции8513932018960126196266370445520595
и15433932018975
прироста17143932018975145219289359421482545
населения23553932018975137199261331393468543607
были30593932018971165235310
совместно34663932018962132198287349411472547617
оценены41803932018970145207282344419513
с47893932018962
помощью49483932018975145233303411475579
байесовской8514173018971133208270332402468531598669744
цепочки16334173018975137212282352420495
Маркова216641730189125187257325395461523
-26894173018947
Монте273541730189124194269330393
-31284173018947
Карло31754173018993155225295364
(MCMC)35744173018950174268392486533
вBEAST4145417301896642504173018993179280358443
v1.10.147284173018974144179249319354424
[118].51874173018950120190260307341
Эти8514414018992153228
показатели11784414018975145213275330392453516585660
были19374414018971165235310
оценены23454414018970145207282344419513
в29574414018966
оптимизированном3122441401897014520628137044450057564571578184391899310631152
наборе43724414018975137208278349411
данных48804414018971133208283377447
,53284414018935
в54614414018966
которых8514656018968138199269340434504
были13904656018971165234309
исключены17344656018975137205275380450512587681
последовательностигенома24504656018975145208278340411481547609670732802866941101110731134120936944656018957120194265354416
РНК41454656018977179272
ВИЧ44524656018994195286
:47374656018939
1.8514897018970105
с12054897018962
более13024897018971141211273335
чем1,5%1672489701897013322219284897018970105175291
неоднозначных22554897018975137207279353424479554616687762856926
оснований32164897018970132207277343405480555629
;38454897018939
2.8515139018970105
с12055139018962
особенновысокими1302513901897013220227333641148655618935139018966160222292360434523598
показателямиэволюции2526513901897514521327533039245351658565073881333745139018960126196266371446521596
;39705139018939
3.8515380018970105
эпидемиологически12055380018960135210281343431506576646716773848918981104311111185
связанные25305380018962128192247309384459553616
пациенты32835380018975137212287349424485579
(389753800189150
мать40475380018988150212275
-43225380018947
ребенок43695380018970132204266341411479
,48475380018935
половые50205380018975145215285351445507
партнеры8515622018975137207268343405475569
ивнутрибольничная145556220189751565562201896614121127234241748855862869276784291298710491114
инфекция27135622018975150241303371446521585
).3298562201894782
При120558630189101171246
анализе15225863018962137199269344399461
подтипа20545863018975145216277352427489
А626145863018910127145863018970
ВИЧ28555863018993194285
-131405863018947117
из33285863018975130
базы35295863018971133188282
данных38835863018971133208283377447
Los-Alamos436558630189121191245292393432494602672727
HIV-1512758630189136183284330400
были8516105018971165235310
дополнительно13246105018971141216286356431506567629699763837907
использованы23946105018975137212282352416471541607670744839
сиквенсы33956105018962137205271333408470563
геномов41216105018957119194264353423489
РНК47736105018978179272
ВИЧ52076105018993195286
,54936105018935
выделенных8516346018966160231294363426501576670740
из16286346018975130
плазмыкрови1796634601897514520726235044422796346018968138208275350
пациентов26666346018975137212287349424485555622
Красноярского33256346018994164226288363433497567629697767825895
края42586346018968138201265
за45616346018955118
период2007–4716634601897513720728235342451756346018973143213283353
20088516588018970140210280
и2017–201812526588018975136265880189154224294364434504574644714
гг21966588018957115
.23116588018935
(N238165880189132233
=264965880189163
100)284765880189155225295342
(322465880189131
Приложение335665880189101171246316386482544619694756
2).414765880189155202237
Таким45056588018985148216291380
образом50056588018970141211273329399487
,54926588018935
реконструкция8516829018970132200270345407468538608676751826891
временной18056829018966136198287349424499569644
динамики25136829018971146221283371446514589
подтипа31676829018975145216278353428490
A6369268290189130200
ВИЧ39566829018993194285
-142416829018947117
была44236829018971165235297
основана47846829018970132207277343405480542
на53906829018975138
наборе8517071018975137208278349411
из13117071018975130
29314767071018985155225
последовательностейpol,175170710189751452072773394104805466086697318018659401010107211331195127030577071018985155194229
выделенных33357071018966160231294364426501576670740
в41267071018966
периоды42417071018975137207282352423518
с48097071018962
2007-201849067071018985155225295342412482552622
гг8517312018957115
.9667312018935
в10647312018966
более11947312018971141211273336
чем151594731201897013322118507312018998169
различных20837312018970132187257332403478572642
географических27887312018957119189247317379470544615677739807882952
точках38047312018961131201269331401
Красноярского42707312018993163225287362432497567630697767825895
края52287312018968138200265
.54927312018935
Некоррелированная85175540189101163231301371441503573648718788854916991106611281192
модель21567554018988158230292362425
логарифмически26957554018970140197259329404494583658728790852920995
нормальных38037554018975145215304366436500575669739
молекулярных46557554018988158228290358428498562632707801872