189
583129340016360120
2.3.2345550019470105175210
Лабораторные25905500194104174244314392462531601679759869931
методы3555550019496158227297367477
2.3.1.2279791019470105175210280315
Генотипирование262979101948915123230237145153161269076083590598610671129
ВИЧ3794791019493202305
Впериод1205103401899313411034018975137207282352423
с18071034018962
201119041034018977148218288
по20162235103401897514524151034018977148218288
год27451034018957128199
были29861034018971165235310
исследованыобразцыплазмыкрови33391034018975137199269331402472538600675769415110340189701412112733294044984691103401897514520726235044451791034018968138208275350
2818511275018970140210
ВИЧ11831275018993194285
-14671275018947
инфицированного1514127501897515024031539046553560567173380888395310101080
пациента27161275018975137212287349424485547
Красноярского33841275018993163225288363433497567629697768825895
Центра440012750189101163238299369431
СПИД49521275018993194295390
с54651275018962
вирусологической851151701896614121128134341348355361068575581787994710171092
неэффективностью2143151701897513719728837844050857064471178585591897910421147
АРТ349015170189101179265
(379015170189211
Приложение400115170189101171246316386482544619694756
1).479315170189235281316
Все53091517018993155218
обследованные8511758018970141203273335407477543605680755849911
лица18371758018970145220282
,21181758018935
постоянно22281758018975145207268338403478553623
проживали29261758018975145215311385451514583658
в36591758018966
Красноярском38001758018993163225287362432496566629697767855
крае47301758018968138200263
и50681758018975
были52181758018971165235310
хорошо8512000018970140210280388458
документированы150320000189711412092793684305055666417117818479099841078
с27762000018962
момента30322000018988158247309383445507
выявления37332000018966160224291360423497572637
ВИЧ45652000018993194285
-48502000018947
инфекции48972000018975150240302370445520595
.54922000018935
Демографические851224101899515724631637344350559667174280486693410081071
,19212241018935
клинические20562241018968138213288362433495557625700762
данные29172241018971133209284378440
и34552241018975
информация36292241018975150240310380469531606680745
о44742241018970
лечении46432241018970132202264338414489
была52312241018971165235297
собрана8512483018962132203273335410472
из13582483018975131
медицинских15242483018988150221296371446521583651726796
карт23552483018968130200262
пациентов26522483018975137212287349424485555621
.32732483018935
Секвенирование12052724018993155223289352426501571642708770845920982
генома22472724018957119194264353415
РНК27222724018978179273
ВИЧ30552724018993195286
проведено34002724018975145215282344415477552622
с40822724018962
использованием42042724018975137212282352416471541607669744819881970
тест52352724018961123185246
-54812724018947
системы8512966018962137199259322411504
ВИЧ14052966018993194285
-116902966018947117
ViroSeq185529660189101140187257335397467
(Abbott,23572966018960161231301371410449484
США28902966018993234335
).3224296601894782
Детекция33552966018995158219281349424499563
продуктов39672966018975145215286356424485555622
амплификации46372966018962151226296371461536604667741816891
проводилась8513207018975145215281351423498567629691755
на16673207018975137
автоматическом18663207018962128189259348410471546617679741809879968
генетическом28953207018957120194257318393463525587656726814
анализаторе37713207018962137199269343399461522592663725
ABI453132070189128221268
Prism483432070189104151190244353
313052213207018997167237307
(Applied8513449018947148218287326365427497
Biosystems,138334490189196235305359429484523584693747782
США23033449018993234336
).2639344901894782
Все28583449018993155218
электрофореграммы32123449018960130192260321391461552622692754812882944103211211215
,44283449018935
полученные46003449018975145215285355418493568662724
в54613449018966
результате8513690018970132187257327391452515576638
генотипирования171536900189571201942653264014765516216917578198949691033
,27493690018935
проверяли30113690018975145215281343413477547622
визуально38603690018966141196266328398461536606
на46943690018975137
участки50593690018970140202264326394468
последовательностей851393201897514520727733941048054660866973180186594010091072113311951271
с22523932018962
неоднозначной24453932018975137207279354424479554616687762832906
автоматической34823932018962128189259348410471546617679741809879954
интерпретацией45673932018975150211273343418488550611673748823885960
нуклеотидов8514173018975145213283345415476551622692758
.16094173018935
Многократное120544140189124199269327397465535597658733803866
выравнивание21344414018966160230292358433507573636710785848
последовательностей3044441401897514520727733941048054760967073280286694110101073113411961271
было43784414018971165235305
выполнено47474414018966160235305375450512587657
с54674414018962
использованием8514656018975137212282352416471541607669744819881970
программыMAFFT19374656018975145215272342404493581675264746560189206307385463548
[203]323046560189128198268338385
с37314656018962
выбранными39104656018966160231301363438513607696771
эталонными47974656018960121183253323398472566655730
последовательностями8514897018975145207277339410480546608669731801864939100910711132119712861361
различных22514897018970132187257332403478572642
подтипов29324897018975145216277352427497563
ВИЧиз3534489701899319428438584897018975130
базыданныхLos-Alamos402748970189711331882824349489701897113320828337744748354897018985155210256357396459567637692
HIV-185151390189101147248295365
[5].12515139018975145193228
Длина15435139018995165240315377
выравнивания19845139018966160230292359434509575637712787851
составляла28995139018962132194255318384453518588650
130235835139018999169239310
нуклеотида39585139018975145213283345415476551622684
и47065139018975
охватывала48455139018970140206268329423489551621683
всю8515380018966128232
последовательность113553800189751452072773394104805476096707328028669411011107311341198
протеазы23865380018975145215276338400455549
(PR)29705380018964142235282
и33055380018975
частично34325380018970132194255330401476546
обратной40305380018970141211274335410480555
транскриптазы46375380018961131193268330398468543618679741796890
(RT)8515622018947140225272
(11585622018946
позиции2253–3554,1204562201897514520027535042550017405622018970140210280350420490560630665
основаны24405622018970132207277343405480573
на30495622018975137
нумерацииHXB2).32215622018974144233295365428503578653390856220189101202295365412447
Программное120558630189101171241298368431519608683753815
обеспечение20995863018970141203266340403473535610685747
свободного29255863018962128198269339411485555613683
онлайн36875863018970145215277352426
-41145863018947
доступа41605863018971141203265335410472
COMET466758630189137238362448533
HIV523558630189145191292
[130]8516105018947116186256303
иREGA1200610501897513216105018993179280381
Subtyping17376105018989159229268338408447517587
Tool23596105018997167237276
v3.026706105018981151186257
[115]29626105018957127198268314
использовалось33236105018975137212282352416471541607669739809871935
для43046105018971141205
субтипирования45566105018962132203265340414489559629696758833908972
ВИЧ8516346018993194285
-1.11366346018947117152
Подтипы148363460189101171242304378453548
всех22256346018966128190260
последовательностей2681634601897514520727733941048054660866973180186493910101072113311951270
были41466346018971166236311
подтверждены46526346018975145216277344406476573644706781875
филогенетическим851658801899116523530536342550056262369876883089396110361124
анализом20626588018962137199269344399469558
.26206588018935
Новые274265880189101171237331393
рекомбинантные322365880189701322002703594305055806427177788539471010
последовательности431965880189751452072773394104805466086697318018659401010107211331208
были8516829018971165235310
проанализированыс119668290189751452152773524144835586136887588298959571032112623576829018962
помощью24546829018974145234304411475579
программыjpHMM3069682901897514521527234240449358167537806829018939109210334459
[201].42746829018947117187257304338