253
733130341016260120
Секвенирование141654901931011632433193814625426206907668369179971060
биобанка2511549019369150220290360441522592
образцов3138549019370140218288344425495570
микробиоты3743549019395176256334404474555625694803
кишечника4581549019381161279342420501582662732
В1062794018893
открытом1190794018887146214284378440508594
исследовании1819794018891154216286348417487553614688763838
методом26927940188106168229297364434520
поперечного3248794018891161236298368430497572642700766
среза4049794018879149211268330
изучен4415794018891147214284346421
состав4871794018879149215276340406
КМ53127940188110234
у5582794018887
больных7081034018871141209273348442512
ЯК12531034018893186
(n14751034018844114
=16251034018878
40),17381034018870140187222
из19931034018875130
которых21561034018868131190258328422492
626821034018870
больных27851034018871141209273347441512
имели33301034018875163225295370
АГ,373310340188101182202
у39681034018869
пациентов40711034018874137211286348423485553619
с47251034018860
ССЗ48181034018893187257
(n51101034018845115
=52601034018878
20)53741034018870140186
и55941034018874
здоровых7081276018855124194264334400494564
лиц13071276018895170245
(n15871276018871141
=17641276018878
20).18771276018870140187222
Секвенирование2134127601881181822503163774525275976677337948689431006
образцов31751276018894166236298353428498564
кала,37741276018893153224287322
собранных41311276018887156228298360435510604674
у48401276018895
участников49701276018895165228290351426500569631698
исследования,7081519018874137199269331400470536597671746811846
проводилось158915190188118188258324393461535605675741805
ООО242915190188144245346
«Нобиас281115190188113214284355430493555
Технолоджис»340115190188129185254329399467537604700775838908
(г.43441519018890147167
Москва)454615190188167234300368434494541
методом512215190188132194255323390460546
нанопорового7081759018874137212282356427497567633702759826
секвенирования15691759018862126194260321396471541611677738812887952
(секвенирование25561759018846108172240306368443517587658724784859934996
третьего35871759018861133195256320382439506
поколения).41281759018875145213276344406481556620667702
Образцы106220010188101172242304359434528
собирали16252001018873143214289359421492567
в22282001018876
пробирки23392001018886156226297372442510585
с29592001018873
транспортной30672001018871143205280342417487557617691761836
средой39392001018872142204274344419
(Nobias43932001018857158228298337399454
Technologies,48822001018892145207277347417456526596635697752787
Россия).7082243018877144210272347411458493
Выделение123622430188107201273335405467542617679
ДНК195022430188109211304
проводилось22892243018889159230296365432507577647713776
с31002243018877
использованием32122243018889151226296364428483552618679754829891979
наборов42262243018889152223293363433499
для47602243018886156220
выделения50152243018880174246308378440515590654
ДНК7082483018895196289
из10332483018874130
кала11982483018867127199261
с14942483018862
этапами15912483018860121185258320408483
гомогенизации21092483018857124210280337398472547603665740815890
твердотельными30342483018861127188258327397457519589653727821910985
микрочастицами40542483018888163231301371438500563624699773836924999
и50882483018875
стадией51982483018862123187258333395470
деплеции7082726018871133208278340415490565
ингибиторов130827260188106181239313385460521589659729795
(Nobias21382726018878178249319358420474
Technologies,264727260188113165228298368437477546616655717772807
Россия).348927260188109175241303378443489524
Оценка404827260188132207270344412473
количества45562726018899161229304375437503564630690
копий52812726018899162237312387
гена7082966018857117192254
16S9982966018875145223
в12562966018872
растворе13642966018875138200261327396466528
выделенной19272966018872166237300369432506581651726
ДНК26952966018894196289
проводилось30192966018881151221287356423498568638704768
с38222966018868
использованием39252966018881143217287356419475544610670745820882971
наборов49312966018881143214284354424490
для54562966018877147212
контроля7083208018868131205267338408476541
качества12843208018886146211273339400466526
преаналитического18453208018893163226289364427498573634709779841907975103810951162
этапа30423208018878139203276339
метагеномных341632080188106169230294351411486556642717811881
исследований43323208018893156218288350419489555616690765840
(Nobias52083208018864164235305344406460
technologies,7083451018839101163233303373412482552591653708743
Россия).14863451018877144209271346411457493
Секвенирование10623691018893157225291352427502572642708768843918980
полноразмерного20773691018814121127935342349455661169776083090597510321098
гена321136910188122183258320
16S356636910188135205283
было388536910188136230300370
сделано429036910188128199261331393468538
с486336910188128
помощью502636910188140210296366474538642
технологии7083933018861123191266336404474531606681
Oxford143039330188100170217287334404
Nanopore.187539330188100162232302372443489551587
Для25013933018895165230
амплификации27663933018867155230300375466541609669744818893
полноразмерного369539330188791492172923624324955506366997688439139711037
гена47673933018863123198260
16S50623933018875145224
рРНК53213933018875153253347
были7084173018871165235310
использованы105341730188113175250320388452507576642703778872
праймеры196041730188113183245320408471541635
F27263041730188115185255
и292041730188113
R1492306841730188131202272341411
(AGAGTTTGATYMTGGCTCAG3515417301888418528638748957466074584694810181119124313291430153116251710180419052006
и555641730188112
GGTTACCTTGTTAYGACTT70844150188101202287373462556649735820921100710921182127013711473156616511737
соответственно)2478441501881061752463053714324945576186857468218969661013
и352644150188118
амплификатор367944150188105194269339414504579647707765833903
C1000461844150188136206276346416
(Bio-Rad,50694415018890183222292339432494564599
США).7084658018893234335382417
Очистка116046580188166236311373435503563
полученных175846580188139209277347418480555630723794
ПЦР-продуктов2587465801881652663443914665366066737438118709381005
проводилась362746580188139209279345415482557626689751815
с447746580188126
использованием4639465801881392012763464144785336026687298038789411029
магнитных7084898018888149207282357418493587657
частиц140048980188143206268329404479
Agencourt191448980188173244306376438508578625664
AMPure261348980188162286364434481543
XP319248980188173251
(Beckman347348980188120213275338408516579649
Coulter415748980188166236306345384446493
Inc).468548980188120189252298333
Качество505348980188166226291353419480546615
полученных7085140018874145212283353415490565659729
ампликонов14725140018879168242312387455518593663729
оценивали22375140018886161223298373439500571645
с29185140018879
помощью30325140018891161247317425489593
электрофореза36605140018877144207275334406476566636706769826888
в45835140018883
1,5%47015140018887122192308
агарозном50455140018878136198268338393468538624
геле.7085383018857117187249285
Дальнейшая102853830188214276347411486548623731793857
подготовка192053830188194264331389455515583649717777
библиотек273253830188190265336403478548607669737
ампликонов350453830188181270345415490558621695765831
и437153830188193
секвенирование46005383018818124431237944051559066073079685693110061068
осуществляли7085623018870135203311373439500566634699768843
с15865623018859
использованием16775623018875137212282350414469538604665739814877965
реактивов26745623018870132196264323398464533599
фирмы33055623018891166236322416
NE:375456230188101186226
репарации40125623018869131206268338400475550625
одноцепочечных46695623018870137212282357419494564631693760834928998
разрывов7085865018870132187257351417486552
и129558650188112
концов144358650188105168243318388454
НК193258650188138231
«NEBNext219958650188107208293387488550620659
FFPE289358650188115193271356
Repair328558650188130192262324363410
Mix»373058650188161201270341
(M6630),41065865018884208278348418488535570
«NEBNext471158650188107208294387488551620660
End540658650188122192262
repair/dA-tailing7086105018846108178241280326365435536583622684723762801870940
Module»168461050188183254324394433495565
(E7546)228461050188106192262332402472519
и283861050188134
лигирование300761050188129204262336406476543603678753815
адаптеров385761050188122193255328389451521591657
«NEBNext455061050188129230316409510572642681
Quick526661050188161231270332402
Ligation7086347018885124194256295334404474
Module»121763470188124194264334373435505
(E6056).17576347018846131202272342412458493
Все22856347018893155219
ферментативно-зависимые25396347018890153223309371446508571629704770845915961101710791145122012821357144515391602
(промежуточные)4176634701884612119126134740950557663770577284794110031050
стадии52616347018861122186257332407
приготовления7086590018874145219277343403471537605667742817881
библиотеки162465900188102177248315390460519581649724
сопровождались238365900188931632383083784445136066787408118869481012
необходимой343065900188105168238309374438505580669739814
очисткой427965900188101167242305366434497571
образца488665900188100172242304359434496
при541765900188106176251
помощи7086830018874145230300408483
магнитных122668300188165226283358433494569663733
частиц199468300188147209271332407482
Agencourt251168300188177247309379442512582628667
AMPure321368300188166290368438485547
XP379568300188177255
(Beckman408068300188123216278340410519581651
Coulter476668300188169239309349388450496
Inc.).529768300188123193255290336371
Концентрацию7087072018893156231306368443504576638713788893
полученных16367072018881151219289360422497572666736
библиотек24077072018878153224290365435495557625
16S30677072018876146223
рРНК33267072018876154255348
в37097072018873
растворе38177072018876139201262328397467529
измеряли43817072018881137223285355420490565
с49817072018868
помощью50847072018881151237307415479584
флуориметра7087315018890157227293363438527589650722784
Qubit152773150188232303373412451
(Invitrogen,201373150188178225295365404443489559629691761797
США)284573150188224365466513
с339373150188194
использованием36227315018820726934441448254660167073679787194610081097
набора475473150188207269340410480542
для533273150188202272337
высокочувствительного70875550188661602222923604234905606266877488148899501013108211461221129113491415
анализа215875550188107182244315390446508
dsDNA270175550188115170270372473
Quant-iTTM320175550188146216278348387434473559644768
(Thermo40057555018892177247309356465535
Fisher457575550188123162217286349395
Scientific).500675550188122185224286356395434480519581628663